若我在金卡核准後才入境台灣，請問會影響申請永居的起算日嗎？

不會影響。金卡的永居起算日為卡片上記載的發卡日，而非領卡日。只要您的金卡3年均有效且連續居住3年，平均每年居住日數在183日以上，並符合其他申請要件時，即可提出永久居留申請。